圣方济各圣堂建于一九三八年，其设计主要采取澳门主要教堂的巴罗克式风格。圣堂外墙以奶白色为主，还有椭圆形的窗户及钟楼。在圣堂的前面还有建于1910 年战胜海盗的纪念碑，在教堂内存放着一些亚洲最神圣的遗物，在一个银制圣骨匣里存放着圣方济各的臂骨，圣人在日本传教后，打算进入中国，于1552年在距离澳门七十公里的上川岛逝世。

在日本，二十六名天主教徒外籍及日籍祖父于1957年在长崎被钉十字架殉道，而数以百计的日本教徒于1637年在“SHIMABARA”革命中被杀害，还有一些殉教者的骸骨被带往澳门存放在圣保罗教堂，但因一次大火将整座圣保罗大教堂焚毁，所以，这批骸骨就转送大堂存放，直至一九七四年，再迁移至圣方济各圣安放。